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通常分为细菌、真菌、放线菌、螺旋体、支原体（霉形体）、衣原体、立克次氏体、病毒这么几大类，现在人们又把朊病毒锯蛋白也加进来了，它被怀疑是疯牛病的病原。大致就是这样，没有发现更新的分类法。微生物分类目前采用的当然还是其结构的不同进行分类，分为原核细胞型真核细胞型非细胞型其中原核细胞型又根据其生物学特性的不同分为不同的类别：细菌、放线菌、螺旋体、支原体、衣原体、立克次氏体。当然在这种分类上有些是有不同见解的，比如放线菌，由于其有菌丝、孢子、并以孢子分裂方式进行繁殖，以前把它归为真菌类。而现在认为它只有一个拟核，应和细菌相似，所以认为它是一种界于细菌和真菌之间的微生物，在分类上仍属于原核细胞型。随着人们对微生物的研究和认识程度的逐渐深入，在不同时期人们对微生物的分类也不一致，目前人们倾向于微生物分类的三域学说。人类在发现和研究微生物之前，把一切生物分成截然不同的两大界动物界和植物界。随着人们对微生物认识的逐步深化，从两界系统经历过三界系统、四界系统、五界系统甚至六界系统，直到70年代后期，美国人Woese等发现了地球上的第三生命形式古菌，才导致了生命三域学说的诞生。该学说认为生命是由古菌域（Archaea）、细菌域（Bacteria）和真核生物域（Eucarya）所构成。古菌域包括嗜泉古菌界（Crenarchaeota）、广域古菌界（Euryarchaeota）和初生古菌界（Korarchaeota）；细菌域包括细菌、放线菌、蓝细菌和各种除古菌以外的其它原核生物

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